Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro (VU GMC) mokslininkas, virusų tyrinėtojas dr. Gytis Dudas tapo vienu iš Europos molekulinės biologijos organizacijos (EMBO) laboratorijų kūrimo dotacijos (angl. Installation Grant) gavėjų. Pasak mokslininko, kelyje link tikslo pravertė atkaklumas. Savo laboratoriją dr. G. Dudas kurs vykdydamas tyrimus, vertinančius keleto ortomiksovirusų šeimos (lot. Orthomyxoviridae), tolimų gripo viruso giminaičių, paviršiaus baltymų gebėjimą įsiskverbti į stuburinių ląsteles.
Sveikinimai gavus EMBO laboratorijos įkūrimo dotaciją. Koks jausmas apėmė, kai apie tai sužinojote? Kas buvo sunkiausia jos siekiant? O labiausiai netikėta?
Ačiū! Jausmas, nors ir labai geras, bet ir greitai nusidėvi, prisiminus, kad laukia šimtai kitų darbų. Labiausiai šis laimėjimas privertė reflektuoti virtinę nesėkmių, teikiant paraiškas kitiems finansavimo šaltiniams, kurių nepavyko gauti, nors buvo nueita gan toli (pvz., iki interviu dėl Henry Wellcome podoktorantūros stažuotės finansavimo).
Sakyčiau, kad kelyje link šios dotacijos gavimo labiausiai pravertė tiek atkaklumas, tiek poros metų patirtis savarankiško darbo, norom nenorom daromo atskirai nuo buvusių vadovų ir kolegų. Tokia patirtimi tapo Lietuvos SARS-CoV-2 genominės stebėsenos organizavimas bei kiti projektai, vykdyti po to, kai palikau Trevoro Bedfordo laboratoriją Sietle.
Turbūt labiausiai netikėtas buvo kontrastas tarp to, kaip jaučiausi pasirodęs EMBO interviu dėl šio finansavimo, ir akivaizdžiai teigiamo komiteto sprendimo skirti šią dotaciją man. Tačiau galbūt esu per daug savikritiškas arba kitiems kandidatams tą dieną sekėsi prasčiau.
EMBO laboratorijos įkūrimo dotacija gauta tam tikram projektui vykdyti. Koks tai projektas?
Savo laboratoriją kursiu vykdydamas projektą „Metagenomiškai aptiktų ortomiksovirusų paviršiaus baltymų charakterizavimas“ (angl. Characterising metagenomically discovered orthomyxovirus surface proteins). EMBO finansuojamas projektas siekia įvertinti keleto ortomiksovirusų šeimos (lot. Orthomyxoviridae), tolimų gripo viruso giminaičių, paviršiaus baltymų gebėjimą įsiskverbti į stuburinių ląsteles. Paprastai rizika, kad vienas ar kitas RNR virusas sukels ligą, yra vertinama retrospektyviai, t. y. virusas laikomas galinčiu sukelti ligą po to, kai yra registruojamas bent vienas su infekcija siejamas ligos atvejis.
Nuolat pingančios sekoskaitos technologijos per pastaruosius dešimt metų atskleidė milžinišką RNR virusų įvairovę nariuotakojuose (vabzdžiuose, voragyviuose ir jų giminaičiuose). Tačiau ši informacija iki šiol naudojama paviršutiniškai – daugiau tyrinėjamas skirtingų virusų pasiskirstymas šeimininkuose, vietovėse ar populiacijose, bet skiriama mažiau dėmesio atrastų virusų evoliucijai, dinamikai laike, taip pat ankstesniuose ir skirtinguose tyrimuose aptiktų genetinių sekų sujungimui ir jų bendrai analizei.
Kaip veikia minėtas virusas?
Mano ankstesni tyrimai, įtraukę keleto skirtingų tyrimų sekoskaitos duomenis, parodė, kad vienas tokių naujų virusų – paieškų metu atrastas virusas nekūrybingu pavadinimu Uhano uodų virusas 6 (angl. Wuhan mosquito virus 6). Jis, tikėtina, gali užkrėsti stuburinius gyvūnus (manome, kad paukščius). Taip pat tikėtina, kad šis bruožas nėra unikalus tik šiam virusui, o būdingas ir kitiems giminingiems ortomiksovirusams, jį nulemia šios virusų grupės turimas paviršiaus baltymas gp64. Viena iš virusinių paviršiaus baltymų funkcijų yra specifiškai – kaip raktas ir spyna – prisijungti prie šeimininko ląstelės paviršiuje esančių molekulių (vadinamų receptoriais), nuo to prasideda virusinės dalelės patekimas į šeimininko ląstelę ir inicijuojama infekcija.
Turime pagrindo įtarti, kad vabzdžiuose randamų ortomiksovirusų (tokių kaip Uhano uodų virusas 6) paviršaus baltymas gp64 kaip šeimininko receptorių naudoja ląstelei labai svarbius (ir dėl to evoliucijos metu mažai pakitusius) baltymus, kurie mažai skiriasi tarp vabzdžių ir stuburinių. Kitaip tariant, „raktas“ gp64 gali atrakinti daugelio ląstelių „spynas“, nes pastarosios nėra labai įvairios.
Kaip tą išsiaiškinti?
Šio projekto metu bus tikrinami skirtingų ortomiksovirusų paviršiaus baltymų gp64 gebėjimai įsiskverbti į paukščių ląsteles, naudojantis pseudovirusais, taip siekiant įvertinti šiuos baltymus turinčių virusų galimybę sukelti zoonotines infekcijas stuburiniuose gyvūnuose.
Pseudovirusai yra saugi eksperimentinė platforma, pagrįsta savęs kopijuoti negalinčiomis (t. y. gebančiomis patekti į ląstelę, tačiau negebančiomis ištrūkti) virusinėmis dalelėmis, kurios savo paviršiuje turi norimą virusinį paviršiaus baltymą, tačiau genome jo nekoduoja. Ši sistema pasaulyje dažnai naudojamama tirti baltymus, priklausančius virusams, kuriuos tyrinėti gali būti per daug pavojinga. Pvz., dirbant su Ebolos virusu eksperimentus būtina atlikti ketvirto biosaugos lygio laboratorijose (angl. BSL-4), kurios filmuose atpažįstamos iš skafandrais apsivilkusių mokslininkų. Tačiau pseudovirusų sistema gali būti panaudota tyrinėti vien Ebolos viruso paviršiaus baltymą GP saugiai antro biosaugos lygio laboratorijose (angl. BSL-2), kuriose taikomi aukšti, tačiau daug lengviau pasiekiami saugos standartai.
Ar Uhano uodų viruso 6 aptinkama Lietuvoje?
Uhano uodų virusas 6, šiuo metu aptiktas visuose apgyvendintuose žemynuose, tikėtina, cirkuliuoja ir Lietuvos uoduose. Projekto pabaigoje tikiuosi geriau suprasti šio viruso ir jo giminaičių keliamą grėsmę visuomenės sveikatai bei (arba) pragyvenimui ir įvertinti, ar tokia grėsmė išvis egzistuoja. Labiausiai viliuosi, kad projekto rezultatai taps tramplinu tolimesniam šios įdomios virusų šeimos tyrinėjimų finansavimui ir šios tyrimų srities plėtojimui Lietuvoje.
Kokios tyrėjų komandos reikės siekiant įgyvendinti jūsų projektą? Su kuo bendradarbiausite?
Būtent šiam projektui įgyvendinti naujų komandos narių šiais metais neieškosiu, tačiau paraginčiau visus, turinčius daktaro laipsnį, molekulinės biologijos įgūdžių bei patirties su pseudovirusais laboratorijoje ir norinčius prisidėti prie tyrimų unikalioje virusų evoliucijos kryptyje, susisiekti su manimi, kadangi 2024-aisiais šiam projektui tikiuosi dvejiems metams įdarbinti vieną podoktorantą. Ir, žinoma, visuomet ieškau talentingų jaunų žmonių, kuriuos domina virusai ir evoliucija, atlikti doktorantūrą mano laboratorijoje.
Ką patartumėte ir ko palinkėtumėte kitiems mokslininkams, kurie galbūt svarsto teikti paraiškas EMBO dotacijoms?
Labiausiai kolegoms palinkėčiau atkaklumo ir ambicijos. Vieša paslaptis, kad Lietuvoje dirbantiems mokslininkams sunkiau sekasi gauti finansavimą iš tarptautinių fondų, nepaisant mūsų narystės Europos Sąjungoje ir iniciatyvų, skirtų sumažinti šią atskirtį. Nepabandę teikti tokių paraiškų jų ir negauna, o nusivylimas negavus finansavimo nėra pasaulio pabaiga. Todėl raginčiau savo jaunuosius kolegas niekuomet nenuleisti rankų ir siekti aukščiau.
EMBO laboratorijos įrengimo dotacija sudaro 50 tūkstančių eurų kasmet nuo trejų iki penkerių metų. Iš jų po 35 tūkstančius eurų kasmet moka šalys EMBO narės (Lietuvoje – Lietuvos mokslo taryba), o likusią dalį – EMBO finansuojanti EMBC (European Molecular Biology Conference). Dotacijos laimėtojai gali kreiptis dėl papildomų smulkių dotacijų (iki 10 tūkstančių eurų per metus).
EMBO dotacijas gavę mokslininkai tampa EMBO jaunųjų tyrėjų tinklo nariais, jiems teikiama profesinė parama, prieiga prie aukščiausio lygio mokslinių tyrimų infrastruktūros. Be to, jie turi galimybę naudotis kita EMBO finansine ir informacine parama, padedančia plėtoti ryšius ir ugdyti įgūdžius.
Kartu su dr. G. Dudu 2023 m. EMBO laboratorijos įkūrimo dotaciją gavo VU GMC-EMBL partnerystės instituto mokslininkas dr. Patrickas Pauschas. 2021 m. EMBO laboratorijos įkūrimo dotaciją gavo VU GMC jaunasis mokslininkas dr. Algirdas Toleikis.